Die Giordano-Bruno-Stiftung vergibt zwei Preise, die jeweils mit 10.000 Euro dotiert sind: den „Deschner-Preis“ für herausragende Verdienste auf dem Gebiet der Religions- und Ideologiekritik sowie den „Ethik-Preis der Giordano-Bruno-Stiftung“ für die Entwicklung positiver Alternativen im Sinne des evolutionären Humanismus.

Der nach dem „Streitschriftsteller“ Karlheinz Deschner ("Kriminalgeschichte des Christentums") benannte "Deschner-Preis" wurde im Oktober 2007 erstmals verliehen. Preisträger war der britische Evolutionstheoretiker und Religionskritiker Richard Dawkins, der die Auszeichnung im Rahmen einer festlichen Veranstaltung in der Aula der Johann-Wolfgang-Goethe-Universität Frankfurt entgegennahm. Mit seinen wegweisenden evolutionstheoretischen Werken, vor allem auch mit seinem religionskritischen Buch „Der Gotteswahn“, habe Dawkins in herausragender Weise zur Stärkung des säkularen, wissenschaftlichen und humanistischen Denkens beigetragen, hieß es in der Preisbegründung der Stiftung.

Der "Ethik-Preis der Giordano-Bruno-Stiftung" wurde im Juni 2011 erstmalig in der Deutschen Nationalbibliothek Frankfurt vergeben. Die italienische Philosophin Paola Cavalieri und der australische Philosoph Peter Singer erhielten den Preis für ihr tierethisches Engagement, insbesondere für die Initiierung des Great Ape Project ("Grundrechte für Menschenaffen"). Unterstützt von renommierten Primatologen wie Jane Goodall fordert das Great Ape Project für Orang-Utans, Gorillas, Bonobos und Schimpansen einige jener Privilegien ein, die bisher nur für Menschen gelten: Recht auf Leben, Recht auf Freiheit und ein Verbot der Folter. In der Preisbegründung wies die gbs darauf hin, dass das Great Ape Project ein Türöffner für die weitergehenden Forderungen der Tierrechtsbewegung sein könne, denn es schärfe das Bewusstsein dafür, dass es unethisch sei, die Interessen von Lebewesen zu ignorieren, bloß weil sie nicht unserer eigenen Spezies angehören.

2016 wurden der in Saudi-Arabien inhaftierte und zu 1000 Peitschenhieben verurteilte Blogger Raif Badawi und seine Frau, die Menschenrechtsaktivistin Ensaf Haidar, mit dem Deschner-Preis der Giordano-Bruno-Stiftung ausgezeichnet. Mit einem bewegenden Festakt in der Deutschen Nationalbibliothek Frankfurt ehrte die Stiftung die beiden für ihren "gemeinsamen, mutigen und aufopferungsvollen Einsatz für Säkularismus, Liberalismus und Menschenrechte".

» Es gibt da noch einen anderen Preis, den Tempelton-Preis. Die einzige Vorgabe für den Tempelton-Preis war, dass er in der Summe höher ausfallen muss als der Nobelpreis. Aber ich bin hier, um Ihnen zu sagen: Wenn man mir die Wahl ließe zwischen dem Tempelton-Preis und dem Deschner-Preis, dann würde ich den Deschner-Preis nehmen. «
(Richard Dawkins)